La guerra que va durar cinc segles entre l'Església i les Bruixes finalment va acabar en pau, però fa pocs anys. No obstant això, ocultes als llocs ombrívols del món, les brases d'aquell vell conflicte encara cremen. Un estudiant en dificultats anomenat Sable assisteix a la Reial Acadèmia de Màgia del Regne de Wenias, i no té cap record de l'època abans d'inscriure-s'hi. A les ordres del director Albus, va abandonar el Regne per a viatjar a l'extrem sud del continent, on els insurgents anti-màgia encara són una força a tenir en compte, com a part d'un règim d'entrenament especial. L'acompanyen un grup d'individus forts tant en capacitat com en personalitat: hi ha la Bruixa de l'Alba, Roux Cristasse, que cerca el coneixement prohibit de la màgia primitiva al "Grimori de Zero", la nena geni Holtz, així com l'única bèstia de l'escola, Kudd. Quina veritat descobriran en el seu viatge cap al sud...?

Lingalind és una terra envoltada per un mur. El mur oculta, protegeix i preserva aquesta terra. Tan important és que se'l considera un autèntic déu. Un dia, un misteriós home anomenat Back Arrow apareix al poble d'Essha, als afores de Lingalind. Malgrat que l'Arrow ha perdut la memòria, encara recorda una cosa: que ve de més enllà del mur. Per a recuperar la seva memòria, l'Arrow haurà de tornar al lloc d'on ha vingut, la qual cosa li causarà un conflicte intern i posarà en risc la seva vida.

Malgrat el seu títol nobiliari, en Noir Starga es troba a la part inferior de la jerarquia social. A causa d'això, els seus companys nobles l'oprimeixen i el tracten com a escombraries. No obstant això, posseeix una rara però poderosa habilitat per comunicar-se amb el Gran Savi, un oracle que concedeix a en Noir la resposta a absolutament qualsevol cosa. Després de no aconseguir una feina com a bibliotecari, en Noir decideix unir-se a l'Acadèmia d'Herois. Sap que s'ha de fer més fort per a entrar a la institució. El Gran Savi li aconsella que explori un calabós amagat a les profunditats de les muntanyes. Allà, en Noir coneix l'Olivia Servant, una bella donzella encadenada i atrapada dins del laberint. L'Olivia atorga a en Noir un conjunt d'habilitats ridículament poderoses que li atorguen un control pràcticament total sobre la realitat. Naturalment, hi ha una trampa: cada vegada que en Noir prova d'utilitzar els seus poders, els seus punts de vida disminueixen, posant la seva vida en risc. Per a recuperar l'energia, ha de cedir als plaers mundans, com ara besar la seva amiga de la infància! Amb els seus nous poders, en Noir comença el seu viatge com a estudiant a l'Acadèmia d'Herois, fa nous coneguts i els ajuda a superar les terribles situacions a què s'enfronten.

Fa molt de temps, tots els humans vivien sota el mar. No obstant això, algunes persones van preferir la superfície i van abandonar la vida sota l'aigua de manera permanent. Com a conseqüència d'això, van ser despullats de la protecció anomenada "Ena", que els permetia respirar sota l'aigua. Amb el temps, la fractura entre els habitants del mar i de la superfície es va anar ampliant, malgrat que el contacte entre tots dos pobles encara existia. "Nagi no Asukara" segueix la història de la Hikari Sakishima i la Manaka Mukaido, juntament amb les seves amigues de la infància, la Chisaki Hiradaira i la Kaname Isaki, que es veuen obligades a abandonar el mar i assistir a un institut de la superfície. Allà, el grup també coneix en Tsumugu Kihara, un company d'estudis i pescador que estima el mar. La Hikari i les vides dels seus amics es veuen obligades a canviar, ja que han de fer front a l'odi i a la discriminació entre la gent del mar i de la superfície, alhora que als canvis de les seves vides personals, i a una tempesta imminent que podria significar la mort per a tots els qui habiten a la superfície.