Després de la Tercera Guerra Mundial, la Terra va quedar desolada i l'aigua que escassejava es va convertir en el recurs més valuós per als supervivents de les explosions nuclears. Les grans civilitzacions van acabar destruïdes i ara la força i la violència és l'única llei que rig el Món, però, tot açò està a punt de canviar...

Al París del segle XVIII, es troba un taüt flotant al riu Sena. Duu el cadàver de la noble Lia de Beaumont, una espia del rei Lluís XV i el germà petit de la qual, Charles d'Eon, tot just ha estat nomenat cavaller. Quan es produeixen diverses desaparicions a París, el jove cavaller creu que poden estar relacionades amb la mort de la seva germana. Amb l'esperança de trobar-ne els assassins, d'Eon s'uneix a la policia secreta per a investigar els incidents. Seguint-ne les pistes, conclouen que una conspiració entre membres de la noblesa francesa i russa, esperonada per una secta, pot estar darrere de les desaparicions. D'Eon conclou que la Lia podria haver descobert la veritat mentre estava en una missió, i, de resultes d'això, va ser assassinada. Aquella nit, la policia secreta ha d’arrestar el duc d’Orléans sota la sospita de ser el cervell de l'operació. Un dels seus propis companys es transforma en un dimoni i massacra el grup. D'Eon mira de rescatar-ne l'únic supervivent, però acaba descobrint que ell també s'ha transformat. Durant la dura batalla, d'Eon és posseït per l'ànima venjativa de la Lia, que pren el comandament del seu cos i mata el dimoni. Ara, d'Eon ha d'aconseguir aliats i mirar de descobrir a fons l'origen d'aquesta conspiració sobrenatural.

La Sakura Minamoto somia convertir-se en una idol. Malauradament, la realitat la colpeja i mor en un accident de trànsit. Deu anys després, es desperta a la prefectura de Saga, i descobreix que és una zombi sense cap record del passat. Quan encara ho està paint, coneix un home anomenat Koutarou Tatsumi, que li explica que l'ha ressuscitat juntament amb sis noies zombies de diferents èpoques, amb l'objectiu de revitalitzar econòmicament Saga mitjançant un grup d'idols. Tot assumint el paper de mànager, en Koutarou comença a programar esdeveniments i les noies hi accedeixen, i decideixen anomenar el seu grup d'idols "Franchouchou". Zombieland Saga, una absurdament còmica interpretació del gènere idol, narra la història de la lluita de Franchouchou per salvar la prefectura de Saga mentre les noies amaguen que són zombis i redescobreixen les seves vides passades.