Chizuru Yoshida obté el que desitja dels seus amants masculins amb els seus encants, mostrant-se de vegades freda i manipuladora, però mai ha estat enamorada de ningú...fins que apareix Azumi, una nova alumna que és transferida a la seva mateixa classe. Sense poder acceptar estar enamorada d'altra noia, travessa una breu etapa de còlera i negació plantejant-se proves per a convèncer-se que podria sentir-se atreta per qualsevol, menys per una noia tan simple, tímida i ingènua. A causa de la seva desesperació i que constantment pensa en Azumi, resol finalment tornar-se la seva amiga.

En Yukito Yanagi és un orfe que un dia es troba amb un excèntric deixeble del seu pare. L’estrany home el porta al seu lloc de naixement a Ayakajima, format per set illes on es rumoreja que hi ha dracs i uns éssers misteriosos anomenats «mitama». Allà, en Yukito coneix els altres dos deixebles del seu pare, que protegeixen l’harmonia d’Ayakajima... que aviat amenaça d’enfonsar-se.

Diversos anys després d'un incident que va submergir el món en el caos, el món torna a estar en pau. Shadowverse s'ha tornat encara més popular, i l'Acadèmia de Batalla de Shadowverse (Acadèmia Shadoba) s'ha establert per a formar jugadors professionals.
En Light Tenryuu, un alumne de vuitè, rep la petició de trasllat d'en Wolfram Zelga, el fundador de l'Acadèmia. En Light, un complet novell de Shadowverse, decideix unir-se a un "Shadoba Club" perquè el seu millor amic, en Subaru Makabe, volia que ho fes. Els Shadoba Clubs són clubs formats per estudiants que es prenen seriosament Shadowverse, i n'hi ha set. En Light, per casualitat, decideix unir-se a un d'aquests clubs, Seventh Flame. Però Seventh Flame només té un membre i corre el perill de ser eliminat! Per tal de mantenir el club viu, en Light, juntament amb la Itsuki Mitsutagawa, la cap de Seventh Flame, i en Subaru Makabe, decideixen cercar nous membres. Però hi ha una persona sospitosa que s'amaga a l'ombra: en Haruma Hazeura, el cap del club Shadoba "First Reaper"...