L'última cosa que esperava en Natsuki Subaru en posar un peu al carrer era que el traguessin de la seva vida diària per trobar-se immers en un món de fantasia. Poc després de la seva arribada al nou lloc és atacat per un grup d'assaltants i es troba que els ha de fer front armat només amb una bossa de la botiga on acabava d'estar i un telèfon mòbil. Afortunadament per a ell, una noia misteriosa anomenada Satella, que està en busca d'una insígnia que li han robat, se'l troba i el salva. Per agrair-li el favor, en Subaru s'ofereix a ajudar-la en la seva cerca, arribant al lloc indicat en fer-se fosc. Malgrat tot, encara no són conscients de la força obscura que els assetja des de les ombres i, minuts després, tots dos són brutalment assassinats. En aquell moment, però, en Subaru obre els ulls davant el mateix lloc on hores abans havia començat la seva aventura.

La sèrie té lloc en un futur post-apocalíptic on la humanitat ha estat portada al límit per les bèsties gegants conegudes com klaxosaures.

Fa molt de temps, tots els humans vivien sota el mar. No obstant això, algunes persones van preferir la superfície i van abandonar la vida sota l'aigua de manera permanent. Com a conseqüència d'això, van ser despullats de la protecció anomenada "Ena", que els permetia respirar sota l'aigua. Amb el temps, la fractura entre els habitants del mar i de la superfície es va anar ampliant, malgrat que el contacte entre tots dos pobles encara existia. "Nagi no Asukara" segueix la història de la Hikari Sakishima i la Manaka Mukaido, juntament amb les seves amigues de la infància, la Chisaki Hiradaira i la Kaname Isaki, que es veuen obligades a abandonar el mar i assistir a un institut de la superfície. Allà, el grup també coneix en Tsumugu Kihara, un company d'estudis i pescador que estima el mar. La Hikari i les vides dels seus amics es veuen obligades a canviar, ja que han de fer front a l'odi i a la discriminació entre la gent del mar i de la superfície, alhora que als canvis de les seves vides personals, i a una tempesta imminent que podria significar la mort per a tots els qui habiten a la superfície.