En Kuroshi Megumi és un jove que té una maledicció que ha estat a la seva família durant generacions. Una maledicció que els obliga a servir la família Kogami. Però aquesta família té un accident i només en queda una supervivent...

La Suzu és una estudiant d'institut menuda i d'aparença infantil a qui mai no han fet un petó, i que mai ha tingut un noi interessat en ella. Però tot i això, la Suzu no és una noia normal i corrent, com podríem pensar, aquesta noia té el do de percebre els sentiments dels animals, i per aquesta raó, ells la segueixen a tot arreu... El que fa més difícil que algun noi es fixi en ella. Un dia, la nostra protagonista es troba un gat horriblement ferit i s'apiada d'ell, se l'emporta a casa i el cura. Al dia següent es troba que... Hi ha un noi despullat a la seva habitació!! El noi es diu Noa i la seva frase preferida és "Fem nadons! Fem nadons!"

Diversos anys després d'un incident que va submergir el món en el caos, el món torna a estar en pau. Shadowverse s'ha tornat encara més popular, i l'Acadèmia de Batalla de Shadowverse (Acadèmia Shadoba) s'ha establert per a formar jugadors professionals.
En Light Tenryuu, un alumne de vuitè, rep la petició de trasllat d'en Wolfram Zelga, el fundador de l'Acadèmia. En Light, un complet novell de Shadowverse, decideix unir-se a un "Shadoba Club" perquè el seu millor amic, en Subaru Makabe, volia que ho fes. Els Shadoba Clubs són clubs formats per estudiants que es prenen seriosament Shadowverse, i n'hi ha set. En Light, per casualitat, decideix unir-se a un d'aquests clubs, Seventh Flame. Però Seventh Flame només té un membre i corre el perill de ser eliminat! Per tal de mantenir el club viu, en Light, juntament amb la Itsuki Mitsutagawa, la cap de Seventh Flame, i en Subaru Makabe, decideixen cercar nous membres. Però hi ha una persona sospitosa que s'amaga a l'ombra: en Haruma Hazeura, el cap del club Shadoba "First Reaper"...

Malgrat el seu títol nobiliari, en Noir Starga es troba a la part inferior de la jerarquia social. A causa d'això, els seus companys nobles l'oprimeixen i el tracten com a escombraries. No obstant això, posseeix una rara però poderosa habilitat per comunicar-se amb el Gran Savi, un oracle que concedeix a en Noir la resposta a absolutament qualsevol cosa. Després de no aconseguir una feina com a bibliotecari, en Noir decideix unir-se a l'Acadèmia d'Herois. Sap que s'ha de fer més fort per a entrar a la institució. El Gran Savi li aconsella que explori un calabós amagat a les profunditats de les muntanyes. Allà, en Noir coneix l'Olivia Servant, una bella donzella encadenada i atrapada dins del laberint. L'Olivia atorga a en Noir un conjunt d'habilitats ridículament poderoses que li atorguen un control pràcticament total sobre la realitat. Naturalment, hi ha una trampa: cada vegada que en Noir prova d'utilitzar els seus poders, els seus punts de vida disminueixen, posant la seva vida en risc. Per a recuperar l'energia, ha de cedir als plaers mundans, com ara besar la seva amiga de la infància! Amb els seus nous poders, en Noir comença el seu viatge com a estudiant a l'Acadèmia d'Herois, fa nous coneguts i els ajuda a superar les terribles situacions a què s'enfronten.

Acceptant reptes, aprenent dels fracassos, superant obstacles i vencent els millors del món, en Satoshi aconsegueix finalment el seu somni. El seu esperit aventurer, però, continua sent-hi, i no deixa d’explorar noves regions, descobrir Pokémon desconeguts i forjar amistats i rivalitats inesperades. A mesura que el món obre els seus amplis horitzons a en Satoshi, ell torna a trobar-se amb les persones que van ajudar a donar forma al seu transcendental camí cap a l’èxit. Un viatge llegendari s’acosta a la seva fi, però un altre de completament nou està a punt de començar, amb l’etern vincle entre els humans i els Pokémon.