Fairy Tail explica la història d'un jove mag anomenat Natsu, que busca el seu mestre, i pare adoptiu, l'Igneel, que és un drac. Per això es va unir a Fairy Tail, un gremi de mags localitzat a Magnolia, una ciutat de Fiore, un país neutral amb una població de 17 milions de persones. El gremi de Fairy Tail és famós per les destrosses que provoquen en diverses ciutats, la qual cosa no agrada gaire a la gent.
El món de Fairy Tail gira entorn dels mags: persones que utilitzen diferents tipus de màgia i que, a més, realitzen missions a canvi de diners. La història comença quan en Natsu coneix la Lucy, una noia que té el somni d'ingressar en un gremi de mags, i que aconsegueix fer-ho a Fairy Tail amb l'ajuda d'en Natsu.