La Kayano és una estudiant d’institut i, quan per fi es decideix a declarar-se al noi que li agrada, res no li surt bé! Per començar, li dóna la carta a un altre noi! I després, resulta que aquest és el fill del director de l’institut, l’home que actualment està sortint amb la seva mare. Què més li espera?

La Mai és una estudiant de 15 anys que després d'haver rebut burles molts cops pel seu aspecte, comença una nova vida estant prima i canviant la seva manera de vestir a la seva nova escola, on vol trobar el seu xicot perfecte. Ja el primer dia coneix en Sen Ishigaki, un noi molt guapo i popular del qual s'acaba enamorant, però al qual no és capaç d'expressar els seus sentiments, ja que en Yaezou Azumak, un gran amic d'en Sen, adverteix la Mai que en Sen és seu i que no permetrà que li prengui.

La història, basada en el manga d'Adachi del mateix nom, gira al voltant d’un triangle amorós format per la Minatsu Nakazato, una jove estudiant i jugadora de softbo, en Shu Akiba, company d’escola, i en Naoto Kadomatsu, un futur boxador. En realitat, la relació a tres bandes és més aviat a tres i mitja, si tenim en compte que en Naoto està enamorat de la Maria... que en realitat és la mateixa Minatsu, que una vegada s’havia disfressat per a escapar-se d’uns malfactors.

La sèrie té lloc en un futur post-apocalíptic on la humanitat ha estat portada al límit per les bèsties gegants conegudes com klaxosaures.

Amb la introducció d'una IA ultra-avançada que supera la intel·ligència humana i està feta a partir de materials massa avançats en comparació amb la tecnologia corrent, comencen a existir éssers que la humanitat encara no comprèn del tot.

La màgia no és real, tothom ho sap. Tot i que quan la fa un veritable expert, la màgia té la capacitat de sorprendre i meravellar el públic. En Kaito Kuroba, fill del famós mag escènic Touichi Kuroba, no és aliè a aquest fet. Ben versat en les arts de l’engany, en Kaito trastoca sovint la vida dels qui l’envolten amb trucs i bromes cridaneres. Però quan en Kaito ensopega accidentalment amb un passadís amagat a casa seva, descobreix un secret que podria haver estat ben bé la causa de la mort del seu pare ara fa vuit anys: el vestit blanc d'en Kid, el lladre fantasma. Volent saber més coses del seu pare, en Kaito es posa el vestit i cerca la Gemma de Pandora, que diuen que atorga la immortalitat. Tot i això, no és l’únic que cerca la joia: l’organització responsable de la mort del seu pare també hi va al darrere. "Magic Kaito" segueix el renaixement d'en Kaito Kid, el lladre fantasma de la nit. Utilitzant els seus maniquís, disfresses i la seva característica pistola de cartes, en Kaito es proposa robar les joies més precioses del món, tot descobrint la veritat darrere de la mort del seu pare i la rumorosa Gemma de Pandora al llarg del camí.