La història se centra en 4 personatges "+Anima", que tenen habilitats metamòrfiques i per això la societat els margina.

Els Amanto, alienígenes de l'espai exterior, van envair la Terra i conquistar l'antic Japó feudal. Com a resultat, es va establir la prohibició de les espases, i els samurais del Japó han pràcticament desaparegut com a conseqüència.
Tot i així hi ha un home, en Gintoki Sakata, que encara té l'esperit d'un samurai, tot i que pel seu amor pels dolços i el seu treball a la Yorozuya (Treballs de tot tipus a canvi de diners), ningú ho diria. Acompanyant-lo en totes les seves aventures hi són el Shinpachi Shimura, un noi amb ulleres i un fort cor, i la Kagura amb el seu para-sol i un estómac que pareix no tenir fons, també en Sadaharu, el seu gos gegant. És clar, els treballs que fan els de la Yorozuya no són sempre fàcils, molts cops acaben envolts amb la policia, rebels, assassins... Portant a situacions poc afortunades i molt còmiques.

La vida normal de l'otaku Hajime Nagumo, de 17 anys, es veu interrompuda quan ell i els seus companys són transportats a un món de fantasia i tenen la tasca de salvar la humanitat. Mentre que els seus companys de classe tenen habilitats impressionants útils en combat, en Hajime és menyspreat perquè tan sols té una habilitat de transmutació inferior sense cap mena de poder ofensiu real. Quan acaba separat del seu grup dins d'una masmorra, en Hajime es veu obligar a descobrir el seu propi talent o bé deixar-hi la pell.

La Sakura Minamoto somia convertir-se en una idol. Malauradament, la realitat la colpeja i mor en un accident de trànsit. Deu anys després, es desperta a la prefectura de Saga, i descobreix que és una zombi sense cap record del passat. Quan encara ho està paint, coneix un home anomenat Koutarou Tatsumi, que li explica que l'ha ressuscitat juntament amb sis noies zombies de diferents èpoques, amb l'objectiu de revitalitzar econòmicament Saga mitjançant un grup d'idols. Tot assumint el paper de mànager, en Koutarou comença a programar esdeveniments i les noies hi accedeixen, i decideixen anomenar el seu grup d'idols "Franchouchou". Zombieland Saga, una absurdament còmica interpretació del gènere idol, narra la història de la lluita de Franchouchou per salvar la prefectura de Saga mentre les noies amaguen que són zombis i redescobreixen les seves vides passades.

Malgrat el seu títol nobiliari, en Noir Starga es troba a la part inferior de la jerarquia social. A causa d'això, els seus companys nobles l'oprimeixen i el tracten com a escombraries. No obstant això, posseeix una rara però poderosa habilitat per comunicar-se amb el Gran Savi, un oracle que concedeix a en Noir la resposta a absolutament qualsevol cosa. Després de no aconseguir una feina com a bibliotecari, en Noir decideix unir-se a l'Acadèmia d'Herois. Sap que s'ha de fer més fort per a entrar a la institució. El Gran Savi li aconsella que explori un calabós amagat a les profunditats de les muntanyes. Allà, en Noir coneix l'Olivia Servant, una bella donzella encadenada i atrapada dins del laberint. L'Olivia atorga a en Noir un conjunt d'habilitats ridículament poderoses que li atorguen un control pràcticament total sobre la realitat. Naturalment, hi ha una trampa: cada vegada que en Noir prova d'utilitzar els seus poders, els seus punts de vida disminueixen, posant la seva vida en risc. Per a recuperar l'energia, ha de cedir als plaers mundans, com ara besar la seva amiga de la infància! Amb els seus nous poders, en Noir comença el seu viatge com a estudiant a l'Acadèmia d'Herois, fa nous coneguts i els ajuda a superar les terribles situacions a què s'enfronten.