Beelzebub tracta sobre el delinqüent juvenil més fort, l'Oga Tatsumi, estudiant de primer any a l'institut Ishiyama, l'escola per a delinqüents. Durant una revenja, l'Oga es troba "casualment" amb el fill del dimoni; com que és el pitjor delinqüent (el més malvat i el més fort), és elegit per a tenir-ne cura. Tot provant de desfer-se del merder que li ha caigut a sobre, comença a cercar per tot l'institut algú pitjor que ell que s'encarregui del nadó, tot derrotant a tot aquell qui es troba al seu pas i destruint l'institut, de passada.

Unes quantes dècades cap al futur, la humanitat està assetjada per una raça alienígena coneguda com els Nova. Aquests éssers inhumans deixen devastació al seu pas allà on apareixen, i els esforços per a evitar-los es coneixen com a Trobades de Nova. A les noies conegudes com a "Pandores" i els nois coneguts com a "Limitadors" se'ls implanten estigmes per a donar-los poders sobrehumans i se'ls entrena en acadèmies militars, on han d'aprendre a treballar junts, si volen que la humanitat tingui alguna oportunitat de sobreviure. Freezing explica la història de l'Aoi Kazuya mentre es prepara per al seu primer dia a l'acadèmia militar de West Genetics, just quan les Pandores estan duent a terme una batalla real. És aquí on confon Satellizer L. Bridget, una poderosa Pandora coneguda com a "Reina Intocable", amb la seva germana difunta i l'abraça. Ella decideix prendre'l com al seu Limitador. L'únic dubte és si la seva associació pot sobreviure o no a les maquinacions dels seus superiors i a la batalla imminent amb els Nova...